سطح پایین کیفیت تعلیم و تربیه در مناطق دورافتاده و محروم، یک نگرانی همیشه گی به حساب می آید.
دلایل اساسی و عمده کیفیت پایین تعلیم و تربیه، در مناطق دورافتاده و روستایی، عبارت اند از کمبود موجودیت معلمین مسلکی و ورزیده، عدم موجودیت مواد کافی آموزشی ومحیط و صنف های نامناسب درسی. این عوامل دست به دست هم داده باعث شده است که کیفیت تعلیم و تربیت در مناطق روستای به شدت پایین باشد. علیرغم اینکه پیشرفت هاو کارهای زیادی در قسمت ارتقای ظرفیت معلمین صورت گرفته است، ولی با آن هم بیش از نیمی از معلمین از شرایط و مهارت پیداگوژیکی برخوردار نبوده، که این یکی مشکل و چالش عمده در قسمت کیفیت تعلیم و تربیه درافغانستان به شمار می آید.
موسسه نی قلعه از سال 2016 بدین طرف همیشه برنامه های ارتقای ظرفیت معلمین داخل خدمت را در مکاتب که اعمار نموده است، تحت حمایت خویش قرارداده است. درهمین راستا، موسسه نی قلعه از 3 تن از اشخاص فوق العاده مسکلی و حرفوی را به مدت سه سال به حیث استادان برنامه های ارتقای ظرفیت معلمین استخدام نمود. این اشخاص از مشخصات و توانایی های بالا و متفاوت برخوردار بودند و نقش خاص و متفاوتی را در مقایسه با معلمین دولتی ایفا نمودند. آنها نه تنها کورس های آموزشی را برای شاگردان در قسمت تدریس مضامین ساینسی برگزار می کردند، بلکه برای معلمین دولتی نیز در قسمت نحوه تدریس و تقویت مهارت های تدریسی آنها مشوره های مفید و کارا ارائه می نمودند. این معلمین زمستان ها را درمکاتب مختلف که توسط موسسه نی قلعه اعمار شده بود سپری میکردند.
موسسه نی قلعه یکبار دیگر در جریان زمستان 2018 – 2019 در قسمت ارتقای کیفیت تعلیم و تربیه، از طریق یک پروژه جدید همکاری نمود. این پروژه به همکاری یک موسسه فرانسوی با هدف ارتقا و بهبود مهارت های زبانی، ساینسی و همچنان مهارت های پیداگوکی برای ده تن از معلمین مکاتب دیوان و سفیدغو سازماندهی نمود. از برکت این پروگرام بیش از 750 تن از شاگردان مکاتب دیوان و سفید غو، توانستند که ازکیفیت بهترآموزشی بهره مند شوند. دستیابی به آموزش باکیفیت اساس و بنیاد توسعه پایدار را شکل می دهد، ازهمین جهت موسسه نی قلعه افزایش تعداد معلمین مسلکی وبا کفایت را ازجمله اولویت های اهداف خویش در راستای اهداف توسعه پایدار سازمان ملل و و وزارت معارف قرارداده است.